1956年，玉溪烟叶复烤厂创建；1957年，更名为玉溪烤烟厂；1959年，更名为云南玉溪卷烟厂，“红塔山”品牌正式投产；1973年，“玉溪”品牌正式推出；1991年，玉溪卷烟厂成为全国烟草行业唯一“国家一级企业”，“红塔山”品牌获国家金质奖章；1995年9月，以玉溪卷烟厂为核心企业组建玉溪红塔烟草（集团）有限责任公司；2005年12月，玉溪红塔烟草（集团）有限责任公司更名为红塔烟草（集团）有限责任公司；2007年7月，玉溪卷烟厂恢复建制，成为红塔集团主要卷烟制造工厂。
截至2024年底，玉溪卷烟厂配备打叶复烤生产线4条、制丝生产线9条、卷接包装机组70台（套），年生产能力220万箱,厂区占地134.04万平方米，在岗员工2871人。
2024年，玉溪卷烟厂坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，牢固树立“一个云南中烟”观念，以高质量党建引领高质量发展，扎实开展党纪学习教育，纵深推进全面从严治党。主动融入发展大局，聚焦“稳生产、提质量、增效益、推技改、保安全”等重点工作，着力提升生产保供能力、质量管控能力、成本运营能力，统筹把握“稳”和“进”，技改与生产双线并行，顺利实现就地技术改造项目转产达产。工厂总体保持良好发展势头，各项生产任务目标圆满完成，设备搬迁期间生产计划完成率达100%，产品质量抽检合格率100%；科技创新成果显著，获授权专利147余件。